Cada año se eligen aproximadamente entre 50 y 60 parentales (variedades y clones de mejora) que formarán parte del programa de cruzamientos y de los que se obtendrán las semillas que serán sembradas en los siguientes años. En la actualidad se dispone de un banco de aproximadamente 500.000 semillas.

Cada año entre 25.000 y 30.000 semillas obtenidas de los cruzamientos se siembran en bandejas individualizadas y cuando las plantas alcanzan unos 10 cm de altura se transplantan a macetas para que completen su ciclo vegetativo en túnel protegido con malla antiáfidos. En cosecha se selecciona un tubérculo por planta, para el año siguiente. En total se seleccionan entre 15.000 y 20.000 individuos.

Los primeros ensayos de campo del programa se realizan en parcelas situadas en la zona productora de patata de siembra (Valle de Valdelucio, Burgos) con el fin de limitar la infección causada por el virus Y de la patata (PVY). Además, los materiales más avanzados en el proceso de mejora se plantan en diferentes zonas de producción de patata de consumo con el fin de evaluar su rendimiento, ciclo y calidad. En el primer año de ensayos, se planta cada tubérculo individualizado. En cosecha se selecciona alrededor de un 5% del conjunto de materiales. Al segundo año, son sembrados en parcelas de 5 tubérculos por clon. Este proceso se va repitiendo durante sucesivos años y en diferentes localidades, que intentan abarcar el mayor número de zonas de cultivo posibles, ampliándose el número de tubérculos sembrados por cada clon seleccionado y la complejidad de los ensayos. Además, se va controlando la sanidad del cultivo, principalmente el virus Y por ser el más problemático en nuestra zona, mediante análisis ELISA de los materiales y depuraciones de los materiales enfermos. Finalmente, los mejores clones se envían a los ensayos agronómicos oficiales del Ministerio de Agricultura, el cual los evaluará durante 2 años más antes de aprobar su Registro como una nueva Variedad Comercial. Es preciso un mínimo de 9 años desde la siembra en semillero hasta la obtención de una variedad.

Uno de los objetivos de Mejora es la obtención de clones resistentes a diferentes enfermedades. Gracias a los marcadores moleculares de ADN, es posible identificar los clones que presentan los genes Ryadg o Rysto,  que confieren inmunidad al virus PVY, o los genes Gro1-4 y RGp5-vrnHC, que confieren resistencia a los nematodos del quiste Globodera rostochiensis y G. pallida, respectivamente. Así, los clones que amplifiquen en la PCR la banda correspondiente serán aquellos que poseen la resistencia extrema a PVY. Esta metodología se conoce con el nombre de MAS (Selección apoyada por marcadores).